常見生物軟件十個使用技巧
Q1.怎麼查找序列保守區?
A1:很多人查找序列保守區,一般通過序列多重比對後,肉眼判斷序列保守區,但此法難免太主觀,不具重複性,且選擇的保守區無法受統計上的顯著性檢驗。其實,實現這一目的,可以使用DnaSP-->“Analysis”-->“ConservedDNAregion”.
【Raindy注】設計簡併引物,用此法,簡單易用,強烈推薦...
Q2.多個FASTA格式保存的單條序列如何批量快速合併為一個文件?
A2:一條條添加,費時費勁,且容易出錯。解決的辦法有兩個:一是可以通過DNAMAN的“多重序列比對”後導出功能,即:添加序列所在的目錄,或全選相關文件,進行多重比對,導出Clustalaln文件,然後再轉換為FASTA;二是使用我們2012年新開發的序列火槍手套件的“”即可快速實現合併。
Q3.如何解決Clustalx多重比對(*格式)後轉為MEGA格式時提示出錯的問題?
A3:檢查所轉換MEGA的*文件最後幾行內容是否有*號,全部刪減之即可。因為Clustalx多重比對後,程序會自動添加一致序列。
Q4.為什麼DNAMAN軟件的很多功能菜單都顯示無法使用?
A4:DNAMAN軟件的精華在於通道(Channel)的應用,遇到功能菜單呈灰度無法使用時,不妨將序列載入通道後再試試...
Q5.如何讓多重比對美觀顯示又不佔篇幅?
A5:推薦使用WebLogo()或SequenceLogo之類的在線工具處理。其實這類工具還有一個妙用-可用於設計簡併引物,簡併序列一目瞭然,如下圖的第7個鹼其位點,G/A=R。
Q6.如何在多重比對序列的上方顯示對應的蛋白質二級結構?
A6:使用ESPript()對多重比對序列着色的同時,上傳預測的蛋白質結構文件*即可,效果如下圖所示,也可以下載《馬鈴薯Y病毒pipo基因的.分子變異及結構特徵分析》一文參考。
Q7.如何批量將核苷酸序列翻譯為蛋白質序列?
A7:推薦使用MEGA中的AlignmentExplorer,先將待翻譯的序列以FASTA格式保存,鼠標右鍵“打開方式”選擇用MEGA打開,在MEGA界面點擊“TranslatedProteinSequence”即可(下圖箭頭指示位置),最後在“Data”菜單導出序列保存:
Q8.如何快速批量下載指定的序列?
A8:通常辦法是藉助一些生物軟件的檢索功能,諸如:Bioedit、Geneious、MacVector等。其實,NCBI自帶的BatchEntrez只需簡單三步即可輕鬆完成這一任務,詳見本人空間日誌《如何批量下載指定的序列》:。
Q9.如何快速進行基因的選擇壓力檢測及檢驗?
A9:提及基因選擇壓力的檢測,PhylogeneticAnalysisby Maximum Likelihood(PAML)可能是第一反應的分析工具,但PAML的操作令不少初學者望而卻步,快速完成基因的選擇壓力分析,推薦使用一個在線服務器Adaptive Evolution Server,提交序列後,先選擇一個最適的進化模型,再選擇一個壓力檢測方法即可,如:病毒羣體的可以選用IEFL法。
【Raindy注】Adaptive Evolution Server中GARD法是目前流行用於檢測重組的方法,非常不錯,推薦使用。
Q10.如何對多重比對序列進行排序?
A10:由於序列比對矩陣分值的不同,Clustalx比對後的序列順序會發生變化,解決比對後序列重新排序的問題,可以使用兩個軟件:
(1)MEGA5中的子程序Alignment Explorer,點擊下圖中的紅色箭頭即可實現序列升/降排序;
(2)直接用MAFFT軟件比對,在輸出格式選項設置輸出序列順序即可
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