求有关劳动法的题目

北京某集成电路设计公司于2005年3月份与南京某高校应届毕业生李某及其所在学校签订了《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，其中约定：李某进入公司第1年为见习期，服务期为3年，未按规定完成服务期，每相差1年支付1万违约金，不满1年按1年计算。双方权利义务以报到后签订的劳动合同为准。7月10日，公司与李某签订了为期3年的'劳动合同，并规定了3个月试用期。1个半月后，李某向公司提出辞职申请。公司不同意解除劳动合同，认为劳动合同产生的基础是三方协议，根据三方协议，李某的行为已经构成违约，所以李某应支付3万元的违约金。
问：李某应支付这3万元的违约金？在处理这起争议时，到底是该依据三方协议？还是劳动合同