辞职时，单位扣我的课时费和工资合法吗？

我04年毕业到某中学教学。今年考上研究生。当我向学校辞职要个人材料时，学校要求我退回两年来所有的'福利待遇，并扣了一部分工资和课时费才给我办理相应手续。请问这种做法合理吗？来单位时只签了就业协议书，并没有签其它合同，我该怎么办？