计算工资扣缴个人所得税可扣除项目是哪些

我的.工资结构是：工资总额=底薪 加班津贴 职务津贴 全勤 餐费补贴实付工资=工资总额-房租-伙食费-养老及失业保险-罚款请问：我扣缴个人所得税的时候是以“工资总额”还是以“实付工资”为工资额。谢谢！