試用期辭職主管批了，但在工資上要扣3分之2？

我在一公司5月23上班，是一名業務員，最近因為回家發展，就跟公司辭職，今早上6月7日去遞交辭職單經理給我批了，財務説工資我上了多少天就給我發多少工資，但是到下午，經理突然打電話來，説我上班天數才11天，按工廠規定要扣3分之2，然後我就跟他説，這樣是違法的`，反正跟他説了一大堆的法律知識，後來我退步了，説扣3分之1我同意，扣3分之2我就去申請勞動仲裁，後來他也沒説什麼，剛給我發信息説，公司總經理不批我，要我去上班，3天之內不去就算自離，我就鬱悶了，是不是我明天去上班按試用期提前3天辭職，還是直接去勞動局申請仲裁呢？急急