有解除終止勞動合同證明書是正規辭職嗎？

我在原單位自2012年11月20號曠工…之後寫了辭職報告…隨後廠裏和我終止了勞動合同…但我工資沒發…之後發工資原單位扣除了我不按規定辭職曠工500元…廠裏還有一張安全保證金的'單據…1000元…請問用人單位有權扣除我的1000元錢嗎？以前在廠裏辦理過電焊工上崗證…説是要扣證件的錢…剩下的錢還要扣我不按規定辭職…請問合理嗎？單據説要簽字…才能發放…單據在他們手裏面