辭職時，單位扣我的課時費和工資合法嗎？

我04年畢業到某中學教學。今年考上研究生。當我向學校辭職要個人材料時，學校要求我退回兩年來所有的'福利待遇，並扣了一部分工資和課時費才給我辦理相應手續。請問這種做法合理嗎？來單位時只簽了就業協議書，並沒有籤其它合同，我該怎麼辦？