綜合計時最低工資

我們與員工簽訂的是三年期限勞動合同。綜合計時制，每月10日發工資。但現在處於淡季，工資達不到北京最低工資。但是全年平均可以違法嗎。如果他只幹兩個月就自己離職了，正趕上淡季，但平均工資沒達到最低工資。違法嗎？