請教員工自動離職問題

請教員工自動離職問題試用期員工，提離職前三天提交了辭職申請，因部門主管出差在外，不能及時批覆，在沒有部門主管批覆的.情況下，員工三天後就不來公司上班的情況，是否就是自動離職，公司扣發當月工資。請問這樣操作是否妥當。謝謝