關於勞動法和勞動仲裁

情況是這樣，今年3月我從原先的單位離職，離職之前的2月份我只上了8天班，原因是病假和事假，員工手冊上規定了請一天的病假要扣一天的工資，請一天事假要扣2天的工資，因為我的工資只有1000元左右，所以人事算了扣款情況後，到今天跟我説我2月的`工資全扣了之後，公司還要扣700多塊錢，就是説我現在欠了他們700多塊錢。
問題是，我1月份是正常上班的，工資有800多塊錢（做業務，工資不穩定），直到我3月離職到現在也沒發，一直就找藉口拖來拖去的，現在找到了這個理由，我欠公司700，公司欠我800，來回就變成我先交公司700，他們在給我800。
想請問熟悉法律或者勞動糾紛的朋友，企業有權憑員工請假的理由扣款直到整月工資扣沒了還能再從當月扣嗎？（當月變為負工資）
我要是申請勞動仲裁或者去法院勝算大嗎？