關於勞動仲裁時效問題

本人在2007年1月份向開發區勞動局投訴公司，經開發區勞動局出面調解，公司只履行了部分調解內容，關於拖欠工資、給我交納社會福利保險、超時勞動不給加班費等等都沒有改變，由於公司沒有完全履行開發區勞動局的調解，本人在2007年2月又向開發區勞動局投訴，開發區勞動局開掘了一張向市勞動局申請勞動仲裁的介紹信，此時公司換了新的車間主任，口頭答應我們加班會支付加班工資，3月份公司以獎金的形式給我了部分加班費，本人就沒去市勞動局申請仲裁，但是現在計算4月份工資時公司還是我行我素，仍然公司沒有給我交納社會福利保險，依然拖欠工資，現在(2007年6月11日)連4月份的工資還沒發，4月份的`工資單我已經看到過，還是沒有給我計算加班費，聽説申請仲裁只有二個月的時間，但是現在已經過了二個月了，現在還能對二個月之前的投訴(2007年1月份和2月份的投訴)申請勞動仲裁嗎?

還有一個問題由於當時本人跟公司簽訂合同時沒注意，公司還在合同裏付加了一條“工資包括加班費”請問這條款對本人有約束嗎?申請仲裁時能把這條廢除嗎?

如果不能申請仲裁了能向法院提起訴訟嗎?